美濃水庫的興建，將造成以下後果：

1. 黑箱作業過程

　　美濃水庫在民國八十一年以前，由當初的水資會在美濃進行長達十年以上的規畫與環境影響評估，而且規畫與環境影響評估均由中興工程顧問社包辦，裁判兼選手，明顯違法。規畫報告中問卷120份，扣除鎮公所人員，美濃民眾僅有幾十名，不具真實民意基礎。並且在規畫期間，水資會沒有在地方辦過任何一場興建美濃水庫公聽會或說明會。如此問題重重之規畫，未與地方充分溝通以前即宣佈蓋水庫期限，無異是大開民主倒車。

2.威脅人命安全

　　美濃水庫壩高147公尺，距離最近的聚落九芎林庄僅僅一千五百公尺，而且沒有天然疏洪道，世界上沒有一座水庫距離人民的村落如此近！再加上壩址所在位址共有五條斷層通過，地質脆弱，日據時期即測量過不適合建水庫，且方圓五十公里內在近五十年曾發生兩次破壞性地震。

3.不符社會公平

　　美濃水庫用水主要供應作濱南工業區工業用水，而濱南工業是由燁隆大煉鋼廠及東帝士七輕石化廠所組成，這兩種工業都是屬於高耗水、高耗能、高污染的產業，將使我們付出巨大的社會成本，並且建造水庫的成本來自全台人民的學和納稅錢。美濃水庫的興建，將使美濃人成為財團與政客利益分贓的犧牲品。

4.不合經濟效益

　　台灣河川因為短而狹，所以壽命特短。而美濃水庫集水區兩側坡地主要為容易風化的頁岩，與烏山頭水庫所在地質一樣，而烏山頭水庫也是離槽水庫，淤積率目前在台灣各水庫中居第四，以超過百分之五十。所以美濃水庫同樣無法逃避迅速淤積的命運。不如整治高屏溪以及開發屏東平原水庫，更符合水資源永續利用的原則。

5.毀滅客家文化

　　美濃眾所周知，是台灣最後一個客家原鄉，保存了台灣現今最完整的客家文化。然而若在美濃蓋水庫，則從施工的那一刻起，客家小鎮將從此不得安寧。施工期間將會不斷發生治安問題，施工後美濃人民人人自危，外地觀光客卻步，客家文化從此毀滅。

6.破壞生態資源

　　黃蝶翠谷是世界獨一無二的生態型蝴蝶谷，民國七十五年的時候，曾有大發生期產生五千萬之蝴蝶的世界記錄，連外國人都要千里迢迢來到這裡觀賞，美濃水庫的興建將淹沒這座珍貴的生態型蝴蝶谷，不僅違反世界環保潮流，也使台灣失去一個珍貴的生態資源。